Store norske leksikon kom først på nett i 2000 som en lukket betalingstjeneste. I februar 2009 lanserte Kunnskapsforlaget leksikonet som en åpen, reklamefinansiert nettside med Petter Henriksen som hovedredaktør. De avsluttet driften i februar 2010.
I oktober 2010 overtok stiftelsene Fritt Ord og Sparebankstiftelsen DNB NOR eierskapet til leksikonet og nettsidene. De ansatte Anne Marit Godal som sjefredaktør. Hun gjorde SNL om til et ikke-kommersielt produkt. I 2013 gikk leksikondriften fra å være et prosjekt drevet av stiftelsene til å bli det ideelle foretaket SNL AS, som i 2014 skiftet organisasjonen til Foreningen SNL. Denne foreningen hadde blant annet universitetene som medlemmer.
Med universitetene som medlemmer skjedde det mer. Redaksjonen kunne oppsøke fagpersoner på universitetene, og flere hundre nye fagpersoner ble rekruttert.
I 2016 ble Erik Bolstad ansatt som sjefredaktør. Da økte publiseringstakten i stort monn, det ble økt bruk av maskingenerert prosa og tettere oppfølging ev redaksjonen.
I 2019 inngikk foreningen SNL samarbeidsavtale med Den Store Danske og Trap Danmark. Disse danske organisasjonene bruker SNLs publiseringsplattform og produksjonsmodell.
I 2020 hadde leksikonet for første gang over 100 millioner leste artikler på ett år. 82 000 artikler ble oppdatert. SNL overtok nynorskleksikonet Allkunne.
I 2023 ble artiklene lest 114 millioner ganger, og det var 1183 fagansvarlige.